E' di questo periodo la diffusione della Riforma protestante, bene accolta anche da non poche grandi famiglie lucchesi.
Inizialmente il governo della Repubblica assunse, vista anche la facilità dei commerci con l'Europa riformata, un atteggiamento piuttosto tollerante. Tuttavia in un secondo momento, pur senza mai raggiungere gli eccessi altrove toccati, cominciarono a farsi sentire i primi infausti effetti dell'intolleranza religiosa e alcune famiglie "eretiche" si videro costrette ad emigrare a Ginevra.
Nella città svizzera esistono ancora i discendenti di quegli antichi e insoliti emigranti: dagli Arnolfini ai Burlamacchi, dai Balbani ai Cattani e così via.